Podstawową kwestia w bankowości internetowej jest bezpieczeństwo transakcji. Właśnie na systemy bezpieczeństwa i zabezpieczenia banki kładą największy nacisk w przypadku kont internetowych. Bezpieczne transakcje tworzą więź zaufania między klientem a bankiem, a to powoduje przywiązanie klienta do banku, na czym zależy bankom. Pomimo wielu zabezpieczeń i sytuacji, w której transakcje mają zapewniony niezbędny stopień bezpieczeństwa, niektórzy ludzie odczuwają barierę psychologiczną, która nie pozwala im na dokonywanie transakcji przez Internet.

Banki pracują przez cały czas nad polepszeniem swoich systemów bezpieczeństwa, uszczelnienia wszelkich luk w systemach umożliwiających włamanie, co w przyszłości spowoduję, że transakcje przez Internet będą jeszcze bardziej powszechne. Być może kiedyś dokonywanie transakcji będzie tak samo bezpieczne jak dokonywanie transakcji w oddziale banku.

Najważniejsze zabezpieczenia stosowane w Internet banking to:

• Szyfrowana transmisja danych (SSL), która zapewnia użytkownikom certyfikację połączenia, autoryzacji dostępu, poufności danych poprzez szyfrowanie za pomocą metod klucza publicznego oraz szyfrowania symetrycznego. Standard ten jest obsługiwany przez wszystkie przeglądarki internetowe
• Proste uwierzytelnianie oparte na danych, które zna użytkownik (login, hasło, PIN). Opiera się na danych znanych tylko jednemu użytkownikowi, które w sytemie komputerowym zapisywane są w sposób zaszyfrowany. Sposób ten ma wadę, którą jest możliwość wykradzenia hasła poprzez podejrzenie podczas wpisywania hasła, podsłuchanie niezaszyfrowanej transmisji hasła lub rozszyfrowaniu hasła.
• Silne uwierzytelnianie, które opierają się na czymś co konkretny użytkownik posiada. Są to albo urządzenia elektronczne (takie jak tokeny,karty elektroniczne) lub mechanizmy cyfrowe(certyfikaty cyfrowe, klucze ktryptograficzne. Wadami silnego uwierzytelniania są wysokie koszty zakupu urządzeń oraz mniejszy komfort użytkowników w porównaniu z hasłami.
• Podpis elektroniczny, który w transakcjach wykonywanych za pomocą komputera jest niezaprzeczalnym dowodem jej wykonania przez konkretną osobę.